毛奇龄既是抗清英雄陈子龙的得意门生，自然也当追随其宗师，转战江南，英勇抵抗。这段历史空白，已无从知悉，但陈子龙历经艰险，不折不挠，屡遭挫败，九死不悔，最后，不幸被俘，一死明志，殉忠前朝以后，作为陈子龙门生的毛奇龄，这位明末廪生，虽未能与其师同进共退，但迅即加入南明鲁王的军事活动，沿着他老师的抗清足迹，游击于江浙一带，继续战斗。然而，崇祯朝所有的败象，在南明小政权再度重复，大势既去，败局已定，大厦之既倒，非人力之所能挽救，只好看它完蛋。鲁王败后，毛奇龄化名王彦，亡命江湖。这应该是公元1644年（顺治元年）至公元1678年（康熙十七年）间事。明亡后的这三十年间，应该说，毛奇龄对他的入门老师陈子龙，在精神上的尊重，在感情上的缅怀，在反清复明事业上的传承，完全合乎儒家所要求的，“父在，观其志；父没，观其行，三年无改于父之道，可谓孝矣”。
可是，到了公元1679年（康熙十八年），西河先生五十六岁，已经是知天命的年纪，突然出现令人大跌眼镜的变化，竟要应博学鸿词科，受招安。
在这个世界上，有勇敢者，也有不勇敢者。勇敢者，固可钦敬，不勇敢者，也不应苛责。毛奇龄不是绝对的不勇敢者，勇敢过，不成功，遂再也勇敢不起来，这是可以理解的，但完全没有必要一百八十度转向，放下武器也就够了，一定要去当伪军吗？这世界好宽广，这天地好辽阔，你四十年浪迹江湖，萍踪万里，清政权不也未能伤及你分毫吗？为什么要自投罗网？再退一步论，按师即父、父即师的儒家传统，你怎么能够向有杀父之仇而不共戴天的满洲主子输诚纳款，俯首帖耳呢？近人梁启超在《中国近三百年学术史》中，将毛奇龄与钱谦益、李光地等辈，俱列入伪学者之流，很显然，公元1679年（康熙十八年），他被招安的这一步，是他头顶上这个“伪”字的来历。
康熙对汉民族士人一手硬，一手软，剿抚并重的绥靖政策，最成功的一次，莫过于这年五月的博学鸿词科了。第一，大清王朝江山坐稳；第二，大明王朝气数已尽；第三，最具有实力的三藩眼看完蛋；第四，康熙高规格地收买人心，于是这次“己未特科”，便成为一个表演的戏台，中国文人中最赖蛋的、最没起子的、最卑鄙无耻的、最下作最丧心病狂的，都跳了出来，群魔乱舞、丑态毕露、洋相百出、令人不齿。而在这个舞台上看不到身影的一群，却是中国文人中最精华的、最有骨气的、最信仰坚定的、最正直最光明磊落的精英，他们拒不从命、谢绝招安、守拙安穷、不求闻达的高风亮节，令人高山仰止。那些与毛奇龄年纪相当的同辈文人，如黄宗羲、如顾炎武、如王夫之、如李颙，他们或逃入山林，或躲进洞穴，或绝粒成病，或誓死抵制。不买账、不上当、不应征、不受招安，与无法拒绝诱惑的西河先生相比，高下立见，瑕瑜不同。
此公兴冲冲从萧山北上，以布衣应博学鸿词科，本想大显身手，谁知康熙志在安抚汉人知识分子，不在意才干识见，无所谓人品学问，只要你来应试，你就等于弃明投清，入吾彀中，只试一诗一赋，统统予以网罗。发榜后，毛试列二等，授翰林院检讨，任《明史》撰修官，充会试同考官。便在南城找了间小院，接来家眷，过起京官的衙门生涯。饮茶赋诗，品酒会友，三天一雅集，五天一堂会，倒也忙得不亦乐乎。此时此刻，一日为师，终身为父的陈子龙，早抛在九霄云外。毛奇龄的这一“华丽”转身，由布衣而庙堂，由遗民而新贵，本以为会轰动，会叫座，会得到一个满堂彩，没想到却是很丑陋、很恶心的结果，因为中国人的记忆力，说来也有点奇怪，常常忘掉不该忘掉的，某些人自以为的伟大；但却常常记住不该记住的，某些人最忌讳的渺小。陈大樽，一代诗豪，末世奇雄，谁人不知，哪个不晓，你是他的门生，他是你的座师，阁下的这种背师行径，能不让人啐唾沫吗？
作为《明史》馆纂修，并不安心于埋头史料，搜罗资证，却忙里偷闲，给康熙上了一本《平滇颂》。毫无疑义，这是一篇马屁文学。当时，康熙征讨吴三桂，尚未取得胜利，一方面对吴三桂讨伐之、粪土之，一方面对康熙吹捧之、神化之。也许康熙身边有的是阿谀奉承的御用文人，毛奇龄哪里拍得过高士奇这等马屁精，白忙活一场，什么也没捞着。那年的年终奖有没有倒在其次，这篇《平滇颂》引起的物议，却沸反盈天。第一，吴三桂对于大明王朝，虽万死不赎，但你毛奇龄也是降人一个，以同类为牺牲，做俎上肉，千刀万剐，以求取悦于新朝，在道德上先就站不住脚。第二，你毛西河本来“少年苦节”“有古烈士风”的美誉，如今怎么也溜须拍马，不顾廉耻地下作起来。于是，给人留下“晚节不忠，媚于旃裘”的恶评。
终于，他明白了，这是一次投入太多，付出太大，而收获甚少的蚀本生意，不当遗民当顺民，不作孤忠做时贤，只是得到史馆中的一席位置。长年坐冷板凳下去，这实在太划不来了。呜呼，这样一个聪明人，怎么能不懂得物稀为贵的市场原则呢？当清朝入关之初，抵抗者众，反对者多，不合作者遍地皆是时，第一个软骨头洪承畴表示降服，会被皇太极视若至宝。第二个软骨头吴三桂表示归顺，会让多尔衮受宠若惊。可后来，一个比一个赛着软骨头，一个比一个赛着王八蛋，你毛奇龄迟来的投诚，康熙就不会将你当香饽饽待了。于是，公元1686年（康熙二十五年）因痹疾患足，借病隐退，长居杭州，既没有十分地堕落，也不敢公开地反抗。住在杭州竹竽巷他哥哥家中，专事著作，苟安求生。
这期间，康熙因政局渐趋稳定，遂加紧对汉族文人严密控制，遂有戴名世的《南山集》案，这次文字狱，牵连方苞和安徽桐城方氏宗族，被绞、被杀、被关、被流，以及合家老小集体自缢、投塘者，足有数百条人命，这是公元1711年（康熙五十年）间发生的悲剧。时已米寿的毛奇龄，听到这个消息后，吓坏了。因为方苞为《南山集》写序，而成为同案犯，他很害怕为其师卢函赤《续表忠记》一书所作的序，是否会因都记南明政权的史事，招来杀身之祸。凡文字狱兴，最可怕的不是皇帝的震怒，而是会有无数的小人跳出来，鸡蛋里找骨头，文章里做文章，顺藤摸瓜，找缝下蛆。毛西河一生，因这抬杠，不知得罪了多少人？谁要趁此咬他一口，必死无疑。因此，他一天到晚，提心吊胆，茶饭不思，坐卧不宁。偶有动静，心惊肉跳，公人路过，魂飞魄散。一个八十八岁的老汉，哪禁得如此折腾，看来，即使没有小人收拾他，他自己也会在惊吓中，收拾了自己。
天才的最大不幸，首先是生错了年代；其次是生错了地方；再其次居然活得很长很长，所谓“老而不死”，所谓“寿则辱”，其实就是拖得很长的痛苦。那些日子里，这位老先生，如坐针毡、如履薄冰，至此，作为一个苟全于世的文人，他所能做的，就是推得一干二净，嫁祸于人了。全祖望《鲒埼亭集外集》中《书毛检讨忠臣不死节辨后》一文，对这位老先生为保全自己，推卸责任的卑污行止，大加谴斥。“已而京师有戴名世之祸，检讨惧甚，以手札属镇远之子曰，吾师所表彰诸忠臣，有干犯令甲者，急收其书弗出也。其子奉其戒惟谨。乃检讨惧未止，急作此辨而终之曰，近有《续表忠记》者，假托予序，恐世人之不知，不可无辨。呜呼，检讨不过避祸，遂尽忘平日感恩知己之旧。检讨所作底本并其手札，至今犹藏卢氏。其子尝流涕出以示予，予因而记之。检讨亲为之序而反复如此，则可骇也。”
于是，我们看到的那个抬杠的毛奇龄猥琐、自私、庸俗、卑下的另一个侧面。他虽然有学问，但是，人格上并不完整，他虽然著书等身，但是，思想上并不高尚。当他汹汹然驳难这个世界时，他曾经是谁也压不服的强者；可当他面临利害选择，安危应对时，他却是一个进退失据的侏儒。
一个人怎么活，是他自己的选择，好和坏，对和错，旁人是不宜置喙的。同样的道理，一个古人，他的一辈子，他走过来的路，印着自己无悔的足迹，别人是无法改变那段历史的。后人评价的好和坏，与本人感觉的对和错，也许并不总是画等号。因为时代不同、观点不同、立场不同，感受也不同。明白这一点，对于古人，应该尽量宽容一点才是，背离时代的求全责备，罔顾性格的过高期待，认为应该站直了活，宁死也不屈，而不应该低三下四，受嗟来之食的高调，都有缺乏辩证唯物和实事求是的不足之处。
所以，全祖望在他那篇文章的末后，说了这样一句话，给我很大的启发：“天门唐庶常建中曰，君姑置检讨弗问，盖谅其非本心耳。予大笑而颔之。”同样，法国汉学家戴廷杰（pierre-henridurand）在其所著《戴名世年谱》中，提到这件事，也表现出来一种宽容和厚道的精神：“文祸方震天下，股栗畏陷坑，伤义以避网，岂独毛奇龄一人而已哉？”
公元1716年（康熙五十五年），西河先生终于寿终正寝。
死前，他留下遗言：“不冠，不履，不易衣服，不接受吊客。”这四不，也许是他对这个世界最后一次的抬杠。